秦始皇並非正統繼承人？

在《尋秦記》中，項少龍因發現真正嬴政已死，為不影響歷史讓自己可以回到現代，故將錯就錯，讓徒弟趙盤扮演嬴政，最後更讓他繼承秦王之位。劇集如此，但歷史中的嬴政又是否真正的嬴姓傳人？在史記中對秦始皇的身世有兩種說法：《秦始皇本記》指始皇是秦莊襄王之子；《呂不韋列傳》中則指呂不韋把趙姬贈給秦莊襄王時隱瞞了趙姬已有身孕的事實。因此不論是作品還是史實，嬴政身世之謎依然蒙罩著一層神祕薄紗。

兵馬俑為誰而造？

古代一直有人殉的習俗。《尋秦記》中異人一死，宮中上下妃嬪奴僕均被捉去埋葬。項少龍不忍要活人陪葬，向趙盤提議用陶俑代替活人，因而有了兵馬俑的出現。現實之中兵馬俑在1974年才首次被發現，此前一直沒有史藉記載，後世對其亦一無所知，因此才得以保存原貌；誰發明陶俑陪葬無從得知，但暫時只在秦始皇陵中發現，因此史學家認為是秦始皇為改人殉而創新的墓葬方式。項少龍因與秦俑相似而被選中送回古代；而恰巧最近亦有人發現有一尊彩繪陶俑與林峯撞樣，難道林峯其實也曾經穿越古代？

項羽與秦始皇早有一面之緣？

《尋秦記》中項寶兒別名項羽，是項少龍之子。電影版預告中年少的項羽因Ken的襲擊下而見到秦始皇，為日後項羽滅秦埋下伏筆。史實中項羽是楚國名將項燕之孫，項燕被秦國大將王翦圍逼下自殺，令項羽一早對秦有異心。秦始皇一次巡遊至錢塘江時，年僅22歲的項羽跟從叔父項梁旁觀，並說：「彼可取而代也」，奠定日後西楚霸王的滅秦之路。

Ken的襲擊有機會就是荊軻刺秦王嗎？

《尋秦記》電影講述20年之後秦王剛一統六國的故事。現代人Ken 因蒙冤入獄，因此決定回到古代篡改歷史，彌補人生遺憾。有人指如果苗僑偉飾演的Ken是姓柯，有機會故事拍的就是後世所說的「荊軻刺秦王」（Ken Or刺秦王）。不過在史實之中，荊軻是秦王伐燕前燕派去刺殺秦王的刺客，與《尋秦記》一統六國後的時間線對不上。但歷史記載總有誤漏，故事總是自由，如電影版可以給出合理解答自圓其說，三哥飾演荊軻這件事並非沒有可能發生。

秦始皇並非一代暴君？

一直以來後世對暴君的印象，必定會是殘暴不仁、窮奢極侈，或甚荒淫無度。秦始皇坑殺數十萬降軍、焚書坑儒、勞役百姓，似乎符合暴君的稱號。《尋秦記》中趙盤問李斯如何令後世不再提及項少龍此人，而李斯則給出焚書坑儒的答案。至於現實之中秦始皇是否真的如此嗜血成性？現代史學家在研究秦始皇時發現後世對秦始皇的描述與歷史有出入，推斷有機會是為了深化儒家思想而扭曲事實。部分史學家更認為焚書只為統一全國文字及篩選書籍，並非控制思想，如儒家思想仍然可以得以流傳；所謂坑儒更有機會只是史記所記載般殺掉騙秦王有長生不老藥的方士及牽連者，並非儒士。秦始皇或許比以往認知中更充滿人性。

會否出現長生不老藥？

秦始皇一生追求長生不老藥，除了命令方士鑽研丹藥外，更派遣徐福等大使出海尋覓長生不老之法，希望可以永存萬世，永遠一統天下。但後世史學家推斷當時方士根本沒有足夠的醫藥知識，在鑽研丹藥時更有機會加添水銀等重金屬，令秦始皇追尋長生不老不成之餘反而損害健康，令他在東巡時突然駕崩，客死他鄉。《尋秦記》在20年前已經發明了時光機，20年後的故事，有沒有機會已經研發了長生不老藥，並由Ken 等現代人帶回古代呢？